Влияет ли использование GPU на качество видео. Если да, то как?

Да, влияет.
Всё зависит от используемого GPU и от того, как производитель использует его в связке с сенсором. При активации GPU может отключаться цифровая стабилизация, меняться сила воздействия шумодава, меняться цветовое пространство. GPU – это всегда обработка и изменение сигнала, даже если сигнал просто проходит через GPU.
Включение GPU позволяет регулировать разного рода настройки, влияющие на сигнал, которые недоступны без оного. Если регулировка яркости доступна без GPU, то такие вещи как цветность и обесцвечивание светов и теней – нет. Насыщенность и регулировка теней и светов тоже могут работать иначе. GPU дает много возможностей для получения готовой картинки. Но так же отнимает такие возможности как запись в 10 бит.